Странно, я много раз форматировал под Ubuntu и пользовался под виндой...
Сдается мне что что-то напутали при форматировании... таблицу разделов GPT задали (Windows ее только на HDD нормально воспринимать научилась) или название раздела задали такое, которое Windows переварить не может (по моему опыту ее клинит от пробелов в названии и других спец символов).