Получилось разобраться, поэтому сам отвечу на свой вопрос. Другим новичкам может пригодиться.
Проверить файлы на подлинность можно с помощью программы
debsums. Она проверяет, соответствуют ли хэши файлов эталонным хэшам.
Если вам интересно знать, то сами эталонные хэши хранятся в папке /var/lib/dpkg/info, в файлах, которые оканчиваются на ".md5sums".
Например, когда я обновил систему, программа
rkhunter указала, что файл /usr/bin/ldd изменился (смотрите вопрос выше). Если в поиске менеджера пакетов Synaptic ввести "ldd", то он покажет, что этот файл входит в пакет библиотеки "libc-bin". Проверить все файлы этой библиотеки, в том числе и файл /usr/bin/ldd, можно с помощью такой команды:
debsums libc-binРезультат её выполнения на моём компьютере:
/sbin/ldconfig OK
/sbin/ldconfig.real OK
/usr/bin/catchsegv OK
/usr/bin/getconf OK
/usr/bin/getent OK
/usr/bin/iconv OK
/usr/bin/ldd OK
/usr/bin/locale OK
...
Можно проверить сразу всю систему. Об этом можно прочитать в руководстве по программе
debsums:
http://manpages.ubuntu.com/manpages/karmic/ru/man1/debsums.1.html
Пользователь решил продолжить мысль 31 Октября 2013, 09:34:26:
http://www.opennet.ru/tips/2631_check_security_rootkit_linux_rpm_deb_redhat_fedora_debian_ubuntu.shtml
Спасибо за полезную ссылку.