После установки Gnome Shell 3.8 в Ubuntu 13.10 возникла проблема с индикатором раскладки, а именно несоответствие значка индикатора фактической раскладке, т.е фактически был язык En, на индикаторе Ru, и наоборот, долго гулил, ничего не нашел по существу, но в итоге сам нашел причину. При установке Gnome Shell устанавливается Gnome Tweek Tools(Дополнительные параметры системы), в которой до умолчанию включен параметр Набор-Клавиша для смены раскладки. Вот этот параметр, когда включен и вызывает такой баг.
Надеюсь если кто столкнется, ему поможет данное описание.