Контролировать, например, MRT как тут предлагали в соседней теме.
Либо написать скрипт, раз в минуту запускающий tracepath до нескольких заранее известных узлов и собирающий статистику прохождения пакетов.
Это конечно не даст точной картины, но хотя бы приблизительно позволит понять, что происходит.
Естественно, внутри локальной сети всё проще можно проверить. Вручную погонять стримы через разное оборудование и посмотреть, не загибается ли промежуточный свич где-нибудь или ещё что...
И обращайте снимание на статистику ошибок пакетов на шлюзах. Тоже о многом может сказать.