Использую Kubuntu 13.10. Слетают настройки ОС после перезагрузки. Но они слетают до определенного состояния, которое было сохранено в прошлом. А также открываются окна, которые были открыты в это время. Окна и настройки всегда одни и те же.
Приведу пример:
1. Меняю количество мониторов. По умолчанию у меня стоит LVDS1 (главный монитор) + VGA. Отключаю VGA: Оборудование -> Экран -> Управление и настройка мониторов и экранов. После перезагрузки VGA опять включен.
2. Добавляю новый ключ rsa в ssh-agent. После перезагрузки этот ключ пропадает и его приходится добавлять заново.
Насколько помню в xubuntu (xfce) существует файл типа ~/.cache/sessions/xfce-session-username*, в нем хранится последний сохраненный сеанс. При некоторых глюках его можно было удалить, чтобы починить. В KDE такого не нашел.