Попробуйте изложить свои мысли так, чтобы было понятно. Что где стоит? Что запускается?
Если воткнута флешка и загрузка в биосе стоит с флешки, то оттуда и запускается. Если флешку выдернуть или в биосе прописать загрузку с диска, то будет грузиться с диска. В этом был вопрос или в чем?