yurik11,
Вы не путайте сектор с кластером. Сектор (логический) -- это то, что минимально можно прочесть с диска "снаружи" (через интерфейс). Например, если диск имеет физический сектор 4096, а логический -- 512, то свой размер (число LBA) диск указывает в 512-байтных секторах. И тогда все _секторные_ смещения (например, смещение начала раздела и длина раздела в таблице) будут указаны именно в 512-байтовых секторах. Отсюда и проблемы с производительностью при невыравнивании разделов по границе физического сектора, -- диск-то всё равно отдаст или запишет то, что надо вам, с 512-байтовой дискретностью, но вот для этого ему при невыровненности придётся прочесть или записать два физических сектора. но это лирика. А файловая система оперирует значением кластера, размер которого прописывается в загрузочной записи файловой системы (т.е. у линуксовых систем -- суперблок), и все операции и все значения, касающиеся файлов, указываются в кластерах. То есть кластер есть некое количество _логических_ секторов, ну обычно 8, хотя всякое бывает. А с тем, чему равен физический сектор диска, размер кластера никак не связан.