Я вас правильно понял вы хотите в кальмаре использовать другие днс? Точнее днс клиентов? Я могу предложить только сменить не системные днс, на сервере. А указать в кальмаре свои, делается это так. В файле конфигурации кальмара squid.conf нужно раскомментировать строку dns_nameservers и добавить нужные днс. А как делать перенаправление для каждого клиента назначать его системный днс я не представляю возможным
. Если получиться поделитесь 
не совсем так, но суть похожа.
Вот пример:

есть сервер, на нем squid с прозрачны прокси, DG для фильтрации, dnsmasq для dhcp и dns. Трафик, правилами iptables автоматически заворачивается на DG
# Заворачиваем http на прокси
iptables -t nat -A PREROUTING -i eth1 ! -d 10.0.0.0/24 -p tcp -m multiport --dport 80,8080 -j DNAT --to 10.0.0.1:8081
Клиентам, я прописываю сетевые настройки вручную, так вот у клиента 1 в ДНС записан адрес сервера, и соответственно запросы обрабатываются ДНСами которые прописаны на сервере, а для клиента 2 нужна фильтрация трафика, поэтому на нем необходимы ДНС нетполиса (к примеру), прописывает их на клиенте 2, но трафик не фильтруется, т.е. по прежнему запрос обрабатывается ДНСами сервера.
Казалось бы, чего проще, есть сервер, раздает сетевые адреса, запросы клиента обрабатываются сервером, нужно что бы запросы конкретных клиентов обрабатывались другими ДНС, что делать? естественно прописать руками на этих клиентах нужные ДНС, так и делаю, но не работает, в любом случае запрос обрабатывается ДНС сервера.