ING,
Да в общем то это и правильно - вы уж тогда сами выбирайте какую именно область вы собираетесь скринкастить. Или скриньте весь экран, а потом режте в редакторах на логические сцены 
Или пробуйте запускать несколько ффмпегов (я не эксперементировал)...
При попытке указать, к примеру относительные координаты за пределами видимого экрана (1920х1080), например так:
$ ffmpeg -y -f alsa -i pulse -f x11grab -s 1920x1080 -r 25 -i :0.0+0,1080 -vcodec mpeg4 -f avi -acodec pcm_s16le ~/video.avi
(т.е. я хочу записать то, что происходит на "нижнем" экране (3) рабочего стола, в то время, когда работаю на "верхнем" экране (1) рабочего стола).

Получаю это:
ffmpeg version 0.8.10-6:0.8.10-0ubuntu0.13.10.1, Copyright (c) 2000-2013 the Libav developers
built on Feb 6 2014 20:53:28 with gcc 4.8.1
*** THIS PROGRAM IS DEPRECATED ***
This program is only provided for compatibility and will be removed in a future release. Please use avconv instead.
[alsa @ 0x87e9a0] capture with some ALSA plugins, especially dsnoop, may hang.
[alsa @ 0x87e9a0] Estimating duration from bitrate, this may be inaccurate
Input #0, alsa, from 'pulse':
Duration: N/A, start: 1393657820.031434, bitrate: N/A
Stream #0.0: Audio: pcm_s16le, 48000 Hz, 2 channels, s16, 1536 kb/s
[x11grab @ 0x87f1c0] device: :0.0+0,1080 -> display: :0.0 x: 0 y: 1080 width: 1920 height: 1080
[x11grab @ 0x87f1c0] shared memory extension found
X Error of failed request: BadMatch (invalid parameter attributes)
Major opcode of failed request: 130 (MIT-SHM)
Minor opcode of failed request: 4 (X_ShmGetImage)
Serial number of failed request: 11
Current serial number in output stream: 11
И не поможет тут ни два, ни три, ни десять ffmpeg запущенных на разных экранах, они все одно пишут, то что экране монитора в момент записи:(
Т.е. пока без вариантов ...
Спасибо за помощь.