Иконки ставятся отдельно от темы.
Поставив тему, ставьте иконки.
Тема Shell (если интересует).
Тема GTK+
Тема иконок.
Тема курсоров.
Тема окон.
Все это ставится отдельно.
Вот тут на илюстрации все понятно.
http://ubuntovod.ru/wp-content/uploads/2011/11/GNOME-Tweak-Tool-650x512.jpg
Пользователь решил продолжить мысль 22 Февраля 2014, 06:09:40:
Вообще отучайтесь в системные лазить, типа /usr/ и так далее.
Иконки кладут в каталог ~/.icons
Не рекомендуюю
Темы в /usr/share/themes и иконки в /usr/share/icons доступны для всех пользователей без геморроя.
Т. е. если вы расположите темы и иконки в домашнем каталоге, и запустите, например, наутилус от рута, то увидете кривую фигню типа недоwin95.
В случае общесистемного расположения, запусти вы нау (или любую другую программу поддерживающую gtk тему) от рута, то и у рута увидете вашу тему.
Вот для KDE без разницы где хранить темы (для каждого пользователя придется ставить свою тему (и запустив в своем аке программу из под рута (или другого юзера), вы увидите не свою тему. а тему рута)...).
С гномом проще.
В независимости какая тема у другого пользователя (включая рута), при запуске программы из под него в вашем акканте у, программы, в случае общесистемной темы, будет ваша тема рабстола (что очень, имхо, уудобно)