Это да
Но у меня на системе, куда тащу бэкапы, на жестком диске для бэкапов тоже стоит файловая система ZFS
С помощью zfs sent / zfs recieve все датасеты и снапшоты переносятся, а следовательно, даже при удалении файлов на сервере и клиентских машинах и последующей синхронизации с компьютером, куда все бэкапится, все файлы я могу восстановить
У OwnCloud, как я понял, нет возможности исключать типы файлов (видео и музыку пользователей мне бэкапить незачем), поэтому тут скорее всего буду клиентские машины бэкапить через rsync.
Хотя в плане облачного хранения OwnCloud подкупает наличие приложений для всех популярных ОС.