В общем то можно как вы хотите. Как только вы захотели выключить компьютер, а обновления только скачиваются, но не устанавливаются, нажмите кнопку "отменить" если это через GUI происходит. И отключайте ПК, есть большая вероятность, что будет докачиваться в следущий раз с того места где остановилось. Пакеты которые не докачаны до конца должны находиться в папке partial (/var/cache/apt/archives).