archiver,
59 гб это немного жирновато, может можно использовать какой-то другой кодек?
В других рав-лосслесс кодеках размер будет ещё больше... И вообще для полноценной работы с видео, HDD должен быть не менее 1ТБ. 500ГБ - это уже критически...
Можете попробовать x264 в режиме lossless, но вероятность потерь будет несколько выше...
ffmpeg -i "/directory/Break Blade - 1 (BD 1920x1080 h264 AC3) [gg].mkv" -pix_fmt yuv444p -vcodec libx264 -intra -qmin 1 -qmax 1 -acodec pcm_s16le -ac 6 -ar 48000 -sn -f avi /directory/file.avi
avidemux заявляет что не может найти декодер звука для этого файла.
Ну вы всё таки разожмите звук в - pcm_s16le - в файле c контейнером *.avi, как я и советовал. И avidemux найдёт декодер для звука

Попробуйте при разжатии видеочасти файла применить опцию -pix_fmt yuv420p, при условии что avidemux отказывается читать и воспроизводить yuv444p.
Для работы в видеоредакторах, например Avidemux, иногда бывает необходима предварительная распаковка (разжатие) видеофайла в uncompressed - raw-форматы, для более удобной и безошибочной работы с ними. Включая применение цветового субсемплинга для файла, в случаях если вы получаете - зелёный, чёрный или рябой экран при загрузке рав-файла в Avidemux. Ибо Avidemux не совсем корректно работает с raw-файлами имеющими RGB-цветность. Но хорошо понимает файлы с YUV, YV12, NV и прочими цветовыми профилями основанными на 4:2:2 и 4:2:0 типах цветности.
после того как я выбираю тот же кодек видео, добавляю субтитры в роли ass фильтра и пытаюсь сохранить - крашится 
что делать?
Загляните сюда
Полезные фильтры -vf, -af, параграф 13. Subtitles - Draw subtitles on top of input video. Фильтр для рисования субтитров поверх входного видео, используя библиотеку libass.
Можно работать с srt субтитрами, а при конечном кодировании энкодер сам их заменит на acc.