Типовое решение такое.
По порядку.
Можно грепать top, например
top -n 1 | grep "Mem"
или
top -n 1 | grep "Сpu"
Результат надо добавлять в какой-нибудь log файл для архивирования
... >> log_file
Все делается в цикле, скажем каждую секунду (см. cron или сделать что-то типа своего демона - цикл со sleep 1).
Раз в сутки файл чистим, а перед этим
выбираем максимумы по требуемому параметру, скажем 30 штук и выдаем полную информацию по ним в файл отчетов.
ЗЫ. Если есть какие-то факторы (с которыми возможно коррелирование), то их тоже надо заносить в лог файл, чтобы что-то понять, что же получилось.