1 - можно использовать bleachbit
Ubuntu Tweak и Unity Tweak Toll заточены под Ubuntu, хотя очистка вполне работает
Вот только ставить комбайн ради одной функции, имхо, нерационально
Достаточно
sudo apt-get autoremove
чтобы удалять старые ядра (кроме двух последних) и ненужные пакеты
можно ещё
sudo apt-get autoclean
чтобы вычищать настройки, оставшиеся от удалённых пакетов
можно и через synaptic очищать

2 - prelink уже давно неактуален - его функции выполняются ядром
preload можно поставить, если памяти не жалко
3 - ПКМ по рабочему столу -> Настройки рабочего стола -> Фон