Ну, можно сделать предположение, что что-то испортилось, связанное с распознаванием mime типов, касаемо непосредственно kde -- раз команда file адекватно все видит.
А попробуйте выполнить grep -r kdeuser1 /etc/ , может отыщется чего.
Кстати, в файле .cache/upstart/startkde.log, в котором вы находили упоминание о kdeuser1, просто белиберда всякая -- все подряд, что выдают различные программы во время исполнения, безо всякого порядка. К примеру, у меня там был, в частности, лог игры Xonotic, которую я запускал.
И да, вы уже пробовали поэкспериментировать с тем магическим файлом? Есть хоть какие-то результаты? Хочу, к слову, сказать, что на моей системе он весит ~28Кб, а на вашей ноль, это странно.