Мне кажется, apt-get autoremove не оч. удачная опция: по моему опыту, приблизительно после полугода пользования Убунтой, эта команда стабильно начинает порываться удалить, вкупе с "мусорными" пакетами, полсистемы впридачу.
потому что за полгода у вас набирается устаревших пакетов аж на полсистемы 
Ну конечно же, ведь
k-window-manager, например, спустя полгода пользования Linuxом становится устаревшим, ибо полгода достаточный срок, дабы познать дзен консоли, и
осознать, что суетное эта вся графика, дрожащие окошки и прочее, я должен стать аскетом, и уйти навсегда в терминал, и лишь изредка выходить оттуда за хлебом.
Я не вспомню точный список пакетов(неудивительно), который собиралась эта команда удалить, но половина кед там точно была, из них вполне нужные приложения. Вообще, может быть, причина еще была в том, что у меня -- как позже выяснилось -- помирал винчестер, и на момент Кучи проблем с Linuxом, установленные рядом две инстанции Windows, месяца два-три, как вообще не запускались, а их установщик валился в BSOD. Однако с предыдущей установленной Убунтой дело, как мне помнится, касательно
apt-get autoremove кончилось тем же.