Про белый список и трей, может быть я не правельно донес мысль о чем я. Сверху, где часы, в ubuntu 12.04 скайп так же не отображался по умолчанию вверху, я делал через unsettings, там даже пункт меню назывался белые списки, и там стоял список приложений кому можно отображать свои значки там где часы вобщем, там был wine и еще что то, я ставил просто all и все нормально отображалось у всех приложений что хотели рисовать себя сверху где часы. Вот собственно и вопрос был про это, в 14,04 таких опций вообще нет, видимо их упразнили. В 12,04 скайп при двойном щелчке сверху открывался (то есть открывалось главное окно скайпа)