провел тест на виртуалке.
В оба графических менеджера init и init.d добавил строку которая логирует работу.
Оказалось сработала система Upstart, то есть скрипт из папки /etc/init/
/etc/rcX.d/ - запуска графического менеджера нет, но есть другие службы которые стартуют, получается что и Init.d тоже работает