Как обычно, сам спросил, сам отвечу. Проблема, как оказалось в кривом Ubuntuшном сервисе
indicator-application-service
насколько я понял, это какой-то костыль для отображения значков в Unity.
Этот сервис содержится в пакете
indicator-application. Сносим его, завершаем сеанс, и со следующим входом все значки будут отображаться так, как нужно.
Пользователь решил продолжить мысль 17 Июня 2014, 21:12:49:
Кстати, добавлю. После такой манипуляции прекрасно работает Cryptkeeper. О котором на всех Ubuntu-форумах говорят, что он просто не работает под Ubuntu 14.04. Выходит, просто не отображался его значок
Для меня это лишний раз подтверждает правильность установки Ubuntu из минимального образа и потом уже дустановки нужных пакетов. Это, конечно, займет немного больше времени. Но за то не придется потом искать решения для различных глюков.