EncFS работает в юзерспейсе поверх существующей файловой системы, поэтому ограничивает длину имён файлов, обладает не самым высоким быстродействием, не позволяет скрыть структуру файлового дерева и т.п., впрочем, вероятно, поставленную задачу решить способно.
Более близким аналогом TrueCrypt, не подверженным перечисленным выше проблемам, является LUKS.