Может дело и не в rc.local, но похоже на то.
В rc.local прописано sudo -u veujin /home/veujin/start_server
(exit 0 в конце есть)
В скрипте прописана строчка screen -dmS Minecraft java -Xms1512M -Xmx1512M -jar craftbukkit-beta.jar
Когда пишу screen -r, выводится два одинаковых скрина с разницей запуска в 2-4 минуты.
Система: xubuntu 12.04 lts. В общем это не критично, но мне просто интересно, почему так происходит.