Itzamnah,
Google мне рассказал, что настройки системы (gnome-settings-daemon, или сейчас уже unity-settings-daemon) затирают настройки synclient при загрузке.
Вариант решения:
написать простой скрипт и поместить его в автозагрузку, его также можно назначить на сочетание клавиш штатными средствами системы
Разжевываю для новичков как это сделать:
Ставим в автозагрузку команду настройки тачпада. Если Unity: открываем "Автоматически запускаемые приложения" -> Нажимаем "Добавить" -> В новом окне вводим произвольно название, например "Настройка тачпада" -> В поле "Команда" пишем команду смены параметров
synclient Параметр1=значение Параметр2=значение Параметр3=значение
Количество параметров может быть произвольным, все пишется в одну строку через пробел.
Нажимаем "Добавить" -> Перезагружаемся
Должно работать, проверил у себя