1. Выбор материнки практически оптимален: без лишних наворотов, подключаются как SATA2, так и SATA3, при том всё на родные разъёмы. Проблем, по идее, быть не должно. Единственное, посмотрите в обзорах, можно ли в случае чего вручную перевести UEFI в эмуляцию BIOS. Так, на всякий случай, вдруг Ubuntu при установке капризничать будет.
2. Я бы взял процессор из серии i3-43xx: там встроенная графика посерьёзней - HD4600. При том ищите частоту в 1200 МГц, ибо таковая может стоять не на всех процессорах, даже в одной линейке.
3. Оперативка нормальная. Но я не уверен, что 4Gb хватит под виртуальную машину. Впрочем, я и не пробовал. Если будут деньги - возьмите 8Gb - "память лишней не бывает".
4. БП хорош. Думаю, 500W хватит. Правда, если видео-карта будет особо мощной, то лучше 600-650W.
5. Привод DVD - норм.
6. С корпусом сложнее. У Zalman Z9 на передней панели только USB2-разъёмы, USB3 там нет, что по нынешним временам странно. У Zalman T3, на мой вкус. вентиляторов маловато: на полной нагрузке температура будет почти впритык к максимально допустимой (а уж как громко будет работать процессорный пропеллер...). В результате, я бы взглянул другие модели, в том числе, других производителей.
7. Как вариант: взять процессор не BOX (будет дешевле), чуть добавить и купить нормальный куллер-радиатор башенного типа. Только не берите с вентилятором, в котором как либо упоминаются "плавники акулы". Тесты показывают, что это наименее эффективная схема лопастей, уж лучше оставить BOX.