τοΖεη,
Наверно у меня на той машине nemo стоит и я не заметил.
Пользователь решил продолжить мысль [time]14 Август 2014, 14:31:03[/time]:
Проверил, галочка действительно на месте и работает.
Но похоже есть интересный баг, связанный с диалогом открытия/сохранения файлов gtk или gnome (не разбираюсь в этом).
Если попытаться открыть или сохранить файл через него (gedit, rhythmbox, evince) и включить/выключить отображений скрытых файлов (ctrl+h), то в наутилусе так же переключиться их отображение по умолчанию. Сомневаюсь, что так и было задумано. Скорее всего это и есть изначальный источник проблемы.
В gedit, rhythmbox, evince диалог открытия файлов выглядит как новый nautilus (с черными иконами мест). Переключение отображения скрытых файлов в нем так же переключает отображение по умолчанию в наутилусе.
В firefox, libreoffice диалог с цветными иконками. Там такого эффекта нет.