Восстановить с более старой копии.
Решил проверить, вдруг и правда сломали.
Иду в ~/.config/gtk-3.0, жмакаю ПКМ по файлу bookmarks и выбираю "Вернуться к прежней версии…"
Выбираю дату и восстанавливаю — работает, вижу старые закладки.
Повторяю с более ранней датой — тоже работает, закладки ещё более старые.
Версия пакета: deja-dup-30.0-1.fc20.x86_64
Можно сделать вывод, что либо это баг в вашей версии пакета, либо вы его неправильно настроили/используете.