Ваша ошибка в том, что вы не выключили Windows перед установкой Ubuntu. По умолчанию она переходит в режим гибернации. Надо именно выключить нормально. Как это делается я точно не знаю. Можно перезагрузкой или найти эту опцию.
Как сделать так, чтобы при запуске не ругалось я помочь могу, а как починить винду не знаю. Проще переустановить винду заново, выключить и установить ubuntu.
Пользователь решил продолжить мысль 09 Октября 2014, 21:43:45:
Ну или загрузиться как-то в режиме восстановления винды и починить на автомате. А потом восстановить загрузчик ubuntu.
Как-то так.