Уважаемый FreshMan, Вам нужно уяснить что под термином "удаление" может скрываеться 2 действия:
1. Удаление в корзину.
2. Удаление как уничтожение информации на носителе.
Смекаете?
И Thunar тут СОВЕРШЕННО не виноват! Он умеет ОБА варианта - это Вы не умеете его корректно "попросить". А почему он делает второй вариант более сложно? А потому что пользователи гораздо болезненнее будут реагировать если "документики" действительно УДАЛЯТЬ! Их в Win-де приучили что удаленное лежит в мусорной корзине... Создатели Thunar просто поддержали это правило.
Скрытая(огромное спасибо что Вы нам ее показали на скрине!) папка .Trash-1000(где 1000 - уникальный номер пользователя) - это не что иное как "Мусорница" куда Вы собственно и "наудаляли" все что было на флешке(А как Вы думали? Мусор то тоже нужно где-то хранить!)!
Понимаете? Удаление клавишей "Del" это не "удаление по второму варианту"(как Вы возможно думали) - это не "уничтожение" информации! Это всего лишь "перенос в мусорницу"! Прекрасно что Вы нашли эту скрытую папку - многие и этого(сочетание Ctrl+H показывает скрытые папки и файлы) не могут сделать(и считают что на флешке нет НИЧЕГО!). Теперь Вам осталось только осознать, что для "удаления по второму варианту" (именно "стереть" информацию с носителя) нужно использовать не просто клавишу "Del", а сочетание клавиш(аккорд) "Shift+Del"!
Слава прогрессу(!) наконец-то и в контекстном меню xUbuntu(с версии 14.04) появились два разных пункта: "Удалить в корзину" и "Удалить" (хотя я полагаю найдется еще тьма пользователей которые и после "Удалить" будут возмущаться: "Почему нет документика в корзине??!").
Поэтому для "очистки" флешки ее совсем не нужно было форматировать! Достаточно было "стереть"(аккордом "Shift+Del" помните?) "мусорницу" которая заняла все доступное место. Ну а почему не было смысла "удалять мусорницу" нажимая просто "Del" - Вы и сами догадаетесь что называется "с полпинка"
"Если мусор занял всю комнату вкладывание пакета с мусором в еще один пакет для мусора не уменьшит объем мусора и комнату не освободит!".