От нечего делать скачал, собрал. Собраться-то собралось, однако обнаружилось, что configure игнорирует и CFLAGS, и CPPFLAGS. При ближайшем рассмотрении оказалось, что CFLAGS явно задаётся в configure.in. Кстати, для поиска компилятора можно использовать AC_PROG_CC_C99, если я ничего не пропустил.