Сожалею, что ввел в заблуждение, но сборка с префиксами работает превосходно!
Примечание, перед сменой префикса делайте (если программа ранее устанавливалась с префиксом по умолчанию)
sudo make uninstall
make clean
./configure --prefix=/usr << тут нужный префикс
make
sudo make install