Обрезать и менять размер обычно умеют изкоробочные просмотрщики. Про цвета не знаю, но гимп точно умеет и должны уметь менеджеры фотографий. Искать linux ubuntu color auto correction tools.
Теги я правлю в EasyTag или mp3tag+wine.
Для конвертирования есть Flacon, SoundConverter, soundKonverter. MediaCoder работает в Wine. Можно что-нибудь вроде Aimp-конвертера через Wine пускать. Ну и мощнейшие консольные утилиты ffmpeg или mencoder, на которых обычно и основаны многие конвертеры. Про нарезку на треки не знаю, поскольку стараюсь избегать этого мерзкого формата распространения image+cue, но если попадается, то плеер с ними умеет работать. Кстати, в некоторых плеерах есть встроенный конвертер.