Посмотрите внимательнее, что появлется в /dev после подключения программатора,
возможно, это не ttyUSB0.
Ещё не факт, что Eclipse будет работать с вашим микроконтроллером,
для этого надо, чтобы его поддерживал simulavr, а он поддерживает
мало процессоров. Это если вы собираетесь использовать её для разработки программы.
И для программирования МК не нужна Eclipse, достаточно avrdude или
avreal. avreal может это делать также через LPT.