В системе его будет видно в любом случае. Ну разве что не монтировать при установке Ubuntu. Но он, собственно, сам может подмонтироваться.
Тут надо определиться: нужно что бы его не было видно в файловом менеджере (рецепты зависят от файлового менеджера) или что бы не было видно вообще в Ubuntu. (Хотя Gparted в любом случае будет находить - эта его главная задача.)