В принципе проблему решил, удалив из /usr/share/applications иконку и создав файл qtcreator.desktop с таким кодом:
[Desktop Entry]
Type=Application
Exec=/opt/Qt/Tools/QtCreator/bin/qtcreator
Path=/opt/Qt/Tools/QtCreator/bin
Name=Qt Creator
GenericName=Qt Creator
Icon=QtIcon
Terminal=false
Categories=Development;Qt;
После чего запустив из главного меню и прилипив на боковую панель.
Осталась только одна маленькая проблема, которую хотелось бы решить: до этого у меня стояла красивая иконка с пёрышком, а теперь стандартная иконка Qt(QtIcon). На просторах интернета не нашёл нужную, может кто подскажет откуда взять?