Спасибо всем за советы!
В итоге окончательно снес Windows и установил Ubuntu, зашифровав диск с помощью cryptsetup. Разобравшись немного, понял, что реализовать нужное на одном харде как минимум очень трудно, если не невозможно. Решил, если понадобится Windows, установлю её на второй хард, по варианту forroboform. Но скорее всего это уже не понадобится, поскольку будет ещё рабочий ноут с Виндой.
symon2014, anchos, согласен с вами, организация с такими требованиями должна предоставить все средства. Но проблема была в том, что я не хотел брать рабочий ноут, а хотел пользоваться своим, да ещё и Линуксом, что в данной организации воспринимается как нечто совсем необычное. Поэтому условием для использования личного ноута была самостоятельная его настройка.