Так уже назвали способ - запускать через nohup.
Ещё можно сразу запускать без терминала с помощью команды at.
Это всё если программа произвольная, а если самописная,
то её надо сделать демоном, в книге Робачевского "Операционная система UNIX"
подробно рассказано, как это делается.