В конфиге виртуального хоста прописать DocumentRoot
Вот что написано в конфиге:
<VirtualHost 127.0.0.1:80>
ServerName site
DocumentRoot /home/user/www/site/
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride All
</Directory>
<Directory /home/user/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
# Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit, alert, emerg.
LogLevel warn
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
</VirtualHost>
Пользователь решил продолжить мысль [time]17 Июль 2015, 12:22:45[/time]:
http://www.sport.ourcms.info/functions_php_filesystem/4-fileperms.html
Про массив $_SERVER знаю, про относительные пути знаю. Мне интересно именно как настроить абсолютный путь

Пользователь решил продолжить мысль 17 Июля 2015, 13:30:43:
Кстати вот содержимое массива $_SERVER выведенного через var_dump() в файле /home/user/www/site/test/index.php
array (size=32)
'HTTP_ACCEPT_LANGUAGE' => string 'en-us,en;q=0.5' (length=14)
'HTTP_ACCEPT_ENCODING' => string 'gzip' (length=4)
'HTTP_ACCEPT_CHARSET' => string 'ISO-8859-1,utf-8;q=0.7,*;q=0.7' (length=30)
'HTTP_ACCEPT' => string 'text/html,application/xhtml+xml,application/xml;q=0.9,*/*;q=0.8' (length=63)
'HTTP_USER_AGENT' => string 'Mozilla/5.0 (Linux i686) AppleWebKit/537.44 (KHTML, like Gecko) JavaFX/8.0 Safari/537.44' (length=88)
'HTTP_CACHE_CONTROL' => string 'no-cache' (length=8)
'HTTP_PRAGMA' => string 'no-cache' (length=8)
'HTTP_HOST' => string 'site' (length=2)
'HTTP_CONNECTION' => string 'keep-alive' (length=10)
'PATH' => string '/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin' (length=60)
'SERVER_SIGNATURE' => string '<address>Apache/2.4.7 (Ubuntu) Server at site Port 80</address>
' (length=62)
'SERVER_SOFTWARE' => string 'Apache/2.4.7 (Ubuntu)' (length=21)
'SERVER_NAME' => string 'site' (length=2)
'SERVER_ADDR' => string '127.0.0.1' (length=9)
'SERVER_PORT' => string '80' (length=2)
'REMOTE_ADDR' => string '127.0.0.1' (length=9)
'DOCUMENT_ROOT' => string '/home/user/www/site/' (length=19)
'REQUEST_SCHEME' => string 'http' (length=4)
'CONTEXT_PREFIX' => string '' (length=0)
'CONTEXT_DOCUMENT_ROOT' => string '/home/user/www/site/' (length=19)
'SERVER_ADMIN' => string '[no address given]' (length=18)
'SCRIPT_FILENAME' => string '/home/user/www/site/test/index.php' (length=33)
'REMOTE_PORT' => string '59359' (length=5)
'GATEWAY_INTERFACE' => string 'CGI/1.1' (length=7)
'SERVER_PROTOCOL' => string 'HTTP/1.1' (length=8)
'REQUEST_METHOD' => string 'GET' (length=3)
'QUERY_STRING' => string '' (length=0)
'REQUEST_URI' => string '/test/index.php' (length=15)
'SCRIPT_NAME' => string '/test/index.php' (length=15)
'PHP_SELF' => string '/test/index.php' (length=15)
'REQUEST_TIME_FLOAT' => float 1437128702.809
'REQUEST_TIME' => int 1437128702