Делаю так, и получаю зеленый фон в гиф изображениях вместо прозрачного
$src = imagecreatefromstring($imagestring);
list($wO, $hO) = getimagesize($imagename);
$dest = imagecreatetruecolor(80, 80);
imagealphablending($src, false);
imagesavealpha($src, true);
$opacity = imagecolorallocatealpha($src, 255, 255, 255, 127);
imagefill($src, 0, 0, $opacity);
imagealphablending($dest, false);
imagesavealpha($dest, true);
imagefilledrectangle($dest, 0, 0, $wO, $hO, $opacity);
imagecopyresampled($dest, $src, $dst_x, $dst_y, 0, 0, $dst_w, $dst_w, $wO, $hO);
switch($imagetipe):
case "jpg":
case "jpeg":
imagejpeg($dest,"./image/".$n.".jpeg",100); break;
case "png":
imagepng($dest,"./image/".$n.".png",0); break;
case "gif":
imagegif($dest,"./image/".$n.".gif",null); break;
endswitch;
imagedestroy($src);
imagedestroy($dest);