Та же беда... Пока нашел два как-бы решения:
1 - Переустановить программу которая тупит при запуске и тормозит работу всей системы (один раз помогло решить проблему производительности Viber после получения обновлений системы)
2 - После того как попользвался программой из под wine и закрыл ее, то у меня она например почему-то отсутствуя в GUI висит в процессах и ничего не делая жрет память и самое главное грузит процессор.
Запускаю
sudo top
Смотрю ID процесса и выполняю
sudo kill ID_процесса
Становиться хорошо

Если подозреваете wine, то удалите его:
sudo apt-get purge wine
Перезагрузитесь и посмотрите стало ли лучше.
А может у Вас ПК стал перегреваться? Или жесткий диск тупит, перегрев или помирает?