То есть unity не катит, вообще никак? 
Когда вы переключаете окна клавиатурой (alt+tab и alt+~) то в списке вы видите только те приложения которые открыты на данном рабочем столе.
Когда открыто одно и тоже приложения на разных рабочих столах, например окно файлового менеджера на первом столе, и на второй, то они ни как друг другу не мешают, соответствующий клиент на соответсвующеем рабочем столе откроет нужное окно. Тот факт, что все абсолютно приложения отображаются на боковой панели, предоставляет дополнительное удобство переключаться между рабочими столами, кликая на иконку приложения.
То что вы хотите, реализацию этого именно в Unity я не видел. Но мне кажется, вам должно понравиться переключаться по (alt+tab и alt+~)
По началу мне тоже хотелось таковую реализацию, но текущая система мне в итоге показалась не менее удобной.