Да уж, интересно почему конфиг пропадает. Насчет startx - он может какой-нибудь гном запускать, а не Unity. Просто я хз что там щас в новой убунте, наверное третий гном, чем-то похожий на этот самый юнити. Завершаешь сеанс, при логине выбираешь юнити.
Далее - есть ли вообще дисплей менеджер (та штука, где после запуска компа выбираешь пользователя, графическую оболочку, пароль вводишь)? Обычно это gdm3, но если ставились графические оболочки, может быть kdm, xdm и т.д., все их не помню. Есть вариант попробовать поставить другой менеджер, проверить как с ним будет.
Если при скопированном конфиге все работает, можно применить рукожопный вариант: chattr +i файл