Проверку на ошибки и дефрагментацию делай только в винде. Для этого есть штатные средства в свойствах диска. Возможно, при попытке проверить выведет сообщение, что проверка будет произведена при перезагрузке. Соглашаемся и делаем перезагрузку. При загрузке венды будет проведена проверка диска.