Сравнил с собой(правда у меня 32 бит), предложу 2 варианта.
запустить gksu nautils - пройти до файла из команды locate(/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libapt-pkg.so.4.12.0) и 1 - создать там же ссылку на него с именем без последней точки и нуля(как в ошибке), и 2 - переименовать его(предварительно скопировав его куда нибудь на всякий случай), 1 думаю лучше(у меня так).