Я уже понял, что в первой..

Давно. Иначе и не стал бы спрашивать..
Ладно, с файлом все ясно. Придется создать новый, уже другим способом. А проблема в этом кроется в BOM Unicode в начале, неправильной кодировке, которая передается wine программе Ubuntu Repository для формирования списка ссылок на пакеты для создания локальной копии репозитария для отдельной ветки ubuntu и последующей записи всего этого добра в файл и неправильном конце строки типа L или RL (Windows или Linux).
Все это вводит в ступор парсер wget. Отсюда и ошибка как в сообщении вначале темы. Первый исправляется сдвигом всех строк на +3 байта. Вторая - принудительным указанием кодировки вайну для этой программы (UTF-8). А третья - или пересохранением текста в программе (например, mousepad), что может менять спецсимволы конца строк на нужные для данной ОС. Самое смешное, что wget под виндой не видит проблем и качает все по тому списку.
Тема закрыта. Всем спасибо за помощь и участие.
