Zloy1,
В порядке бреда: а нет ли таких пар фоток (например): 20151114_173538.jpg и 20151114_173538.JPG? Поскольку copy, как и многие другие синхронизаторы, поддерживают windows, они игнорируют регистр в именах файлов (иными словами, упомянутые два файла для винды суть одно и то же, для linux -- два разных файла).
Или есть группы такого вида: Группа1, ГРУППА1, группа1. Для copy это одна группа, для linux -- три группы.
В смартфоне, скорее всего, Android, который, насколько помню, как и linux, регистрозависим.