Собственно я делал так: сначала мышкой выстраиваем значки как требуется, затем идем в ~/.config/xfce4/desktop/
~$ cd ~/.config/xfce4/desktop/
Смотрим содержимое командой ll, видим файлы .rc с разрешением экрана. Смотрим свое разрешение экрана, затем открываем файл .rc с наиболее приближенным значением. У меня так при разрешении 1440х900:
:~/.config/xfce4/desktop$ ll
итого 20
drwx------ 2 stealch stealch 4096 июн 8 14:34 ./
drwxrwxr-x 6 stealch stealch 4096 июн 8 10:24 ../
-rw-rw-r-- 1 stealch stealch 313 янв 20 07:46 icons.screen0-1008x712.rc
-rw-rw-r-- 1 stealch stealch 313 апр 24 06:52 icons.screen0-1264x968.rc
-rw-rw-r-- 1 stealch stealch 463 июн 8 14:34 icons.screen0-1424x844.rc
Затем, убедившись что значения верны выполняем тупое копирование:
cp icons.screen0-1424x844.rc icons.screen0-1440x900.rc
Вот и все. Теперь у нас есть конфиг под текущее разрешение экрана.