Приведите, пожалуйста, вывод pactl list cards и pactl list sources.
Как вы определяете, что звук переключается или не переключается? В Skype?
Возможно, у вас просто параметры звука переключает source-output Skyp'а на микрофон, а Skype в соответствии со своими настройками переключает обратно непонятно куда. Я не пользовался Skype с 2004 года, не знаю, как он настраивается, если моё предположение верно, то вам нужно перенастроить Skype на ввод звука с микрофона. Приведите вывод pactl stat до переключения на микрофон в параметрах звука, после переключения, а также после закрытия настроек (и переключения в Skype?), и вывод pacmd list-source-outputs во время работы или звонка Skype.
Вывод pacmd list-source-outputs во время работы или звонка Skype до переключения на микрофон (когда микрофон не работает) и после переключения (когда микрофон работает).
Попробуйте также в параметрах звука щёлкнуть на микрофоне (даже если этот пункт уже выбран) при незапущенном Skype, закрыть программу, и только затем запустить Skype.