rapress,
попробуй удалить /root/.config/nautilus/ только бэкап сделай на всякий случай.
ПС от обычного пользователя все папки видит?
- да не видит он и от обычного... в том то и дело!..
rapress,
по умолчанию в nautilus используются только эти расширения:
nautilus-data
nautilus-sendto
nautilus-sendto-empathy
nautilus-share
и библиотека libnautilus-extension1a
- у тебя же их значительно больше, и судя по их описаниям, ни одно из этих расширений в принципе не должно "не позволять" файловому менеджеру отображать системные папки, но мне все же кажется что причина в каком-то из них, или в их сочетании... и выяснить это можно только методом исключения, т.е. удаляя их поочередно и перегружая DE иле перелогинясь
