Вот. Я тоже мучался (когда-то давно, на 12.04, кажется). Нашел совет сделать (или найти на просторах инета) рисунки из букв, и использовать их вместо флажков - куда-то там положить. Так и сделал в свое время.
Но последние несколько лет привых автоматически скрывать панель и как-то особо перестало напрягать - не видно постоянно и проблема ушла.
UPDATE Странно, сейчас посмотрел, у меня в свойствах индикатора есть (оказывается
) размер индикатора - там, где выбор шрифта у тебя - и как бы ставишь средний и выглядит прилично. Xubuntu 14.04. Что-то опять "улучшили"?