У меня стоит несколько версий Явы. Для Эклипса (и по умолчанию) использовал ранее 7 версию от Оракла и всё работало. Столкнулся после очередного обновления при запуске Эклипса с ошибкой в окошке, ругающемся на Яву. Оказалось, что при обновлении Система проявила самостоятельность

и умолчание сбросилось на самую последнюю версию Явы от Оракла, которая у меня стояла т.е. 9-ю. И вот эта 9-ка и не хочет работать с Эклипсом. Выставил по умолчанию в Системе 8-ю версию Явы и Эклипс снова успешно заработал:
root@komp:/home/user# update-java-alternatives -s java-8-oracle
root@komp:/home/user# java -version
java version "1.8.0_66"
PS картинка с ошибками в прикреплении и под спойлером.
VM terminated. Exit code=1
/usr/bin/java
-Xms40m
-Xmx384m
-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=/usr/share/eclipse/dropins
-XX:MaxPermSize=256m
-jar /usr/lib/eclipse//plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.3.0.dist.jar
-os linux
-ws gtk
-arch x86_64
-showsplash /usr/lib/eclipse//plugins/org.eclipse.platform_3.8.1.dist/splash.bmp
-launcher /usr/lib/eclipse/eclipse
-name Eclipse
--launcher.library /usr/lib/eclipse//plugins/org.eclipse.equinox.launcher.gtk.linux.x86_64_1.1.200.dist/eclipse_1503.so
-startup /usr/lib/eclipse//plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.3.0.dist.jar
--launcher.overrideVmargs
-exitdata 2e001b
-vm /usr/bin/java
-vmargs
-Xms40m
-Xmx384m
-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=/usr/share/eclipse/dropins
-XX:MaxPermSize=256m
-jar /usr/lib/eclipse//plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.3.0.dist.jar